ในการเลี้ยงปลาตู้สิ่งสำคัญคือระบบนิเวศน์ภายในตู้ปลา เพราะจะทำให้น้ำในตู้ปลามีคุณภาพที่เหมาะสมกับการดำรงชีวิตของปลา การสร้างระบบนิเวศน์ทำได้ไม่ยากนักแต่ต้องเข้าใจกระบวนการของมันก่อน กล่าวคือในตู้ปลาตามปกติจะมีแอมโมเนียที่เกิดจากเศษอาหารที่ตกค้างภายในตู้หรือของเสีย ที่ปลา ขับถ่าย สารเหล่านี้จะเปลี่ยนรูปมาเป็นไนไตรท์ และ จากไนตรท์ก็จะเปลี่ยนรูปมาเป็นไนเตรทโดยไนเตรทนี้สามารถใช้เป็นปุ๋ยของพืชน้ำได้ ทีนี้คุณคงเข้าใจ ว่าทำไมจึงต้องเลี้ยงไม้น้ำควบคู่ไปกับปลา โดยกระบวนการการเปลี่ยนรูปจากแอมโมเนีย จนถึงไนเตรท นั้น อาศัยแบคทีเรีย ที่ดำรงชีวิตอยู่ในชั้นของกรวดทรายที่รองพื้นตู้หรือในระบบกรอง โดยปริมาณ แบคทีเรีย จะเพิ่มขึ้นหรือลดลงตามปริมาณของเสียที่สะสมอยู่ในระบบ ในกรณีที่ของเสียในระบบไม่เพิ่มเร็วมากจนเกินไป แบคทีเรีย จะสามารถเปลี่ยน แอมโมเนียเป็นไนไตรท์และไนเตรท ได้ทัน และ ถ้าพืชน้ำ สามารถนำไนไตรท์ไปใช้จนหมดไม่เหลือตกค้าง ก็จะไม่เกิดสิ่งที่เป็นพิษกับตัวปลา หลังจากพืชนำไนเตรทไปใช้ในกระบวนการสังเคราะห์แสง ก็ได้ออกซิเจนซึ่งปลาจำเป็นต้องใช้ในการหายใจ แล้วปลาก็ขับถ่ายของเสียมาอีกครั้งในรูปแอมโมเนีย ซึ่งก็ครบวงจรพอดี
ส่วนใหญ่แอมโมเนียจะเกิดจากการขับถ่ายของปลา และเศษอาหารที่กินเหลือ ดังนั้นการให้อาหารปลา จึงต้องให้ปลากินจนหมดในแต่ละครั้ง โดยเฉพาะอาหารสด จำพวกเนื้อกุ้ง ลูกปลา หนอนแดง อาทีเมีย ซึ่งเป็นสารอินทรีย์ซึ่งมีแอมโมเนียเป็นส่วนประกอบ อาหารดังกล่าวเมื่อตกค้างอยู่ในตู้ปลาก็จะเน่าเสียเกิดเป็นแอมโมเนีย ซึ่งจะเป็นอันตรายต่อปลาอย่างมาก การที่มีสารดังกล่าวตกค้างจะทำให้ปลาเป็นโรคต่างๆ เนื่องจากภูมิคุ้มกันของปลาลดลง โดยสารตกค้างเหล่านี้เราไม่สามารถมองเห็นได้ด้วยตาเปล่า จึงจำเป็นต้องมีการตรวจสอบเพื่อให้ทราบปริมาณของเสียว่ามีมากเกินควรหรือไม่ หากเกินจะได้แก้ไขได้ทัน ตามปกติ แอมโมเนียจะเป็นพิษมากกว่าไนไตรท์ แต่โดยทั่วไปมักจะตรวจสอบปริมาณไนไตรท์มากกว่าแอมโมเนีย เนื่องจากมีชุดตรวจสอบไนไตรท์ขายอยู่อย่างแพร่หลายและการตรวจสอบทำได้ง่ายประกอบ กับการเปลี่ยนรูปจากแอมโมเนียไปสู่ไนไตรท์นั้นทำได้อย่างรวดเร็วและในระยะเวลาอันสั้น ดังนั้นการตรวจสอบไนไตรท์ จึงเปรียบเสมือนหนึ่งการตรวจสอบแอมโมเนีย ปกติควรตรวจสอบปริมาณไนไตรท์ทุกสัปดาห์ ชุดตรวจสอบที่มีขายมีทั้งชนิดน้ำและชนิดผง สำหรับปริมาณไนไตรท์ที่เหมาะสมและไม่เกิดอันตรายกับตัวปลาไม่ควรเกินกว่า 0.1 มิลิกรัมต่อลิตร
เมื่อน้ำในตู้มีปริมาณไนไตร์มากเกินไป มีวิธีการแก้ไขอยู่หลายวิธี ถ้าปริมาณไนไตรท์ อยู่ในช่วง0.2-0.3 มิลลิกรัมต่อลิตรก็ให้ควบคุมการให้อาหารปลาให้น้อยลง จนกว่าปริมาณไนไตรท์จะลดลงสู่ระดับปกติ แต่ถ้าปริมาณไนไตรท์มากกว่า 0.3มิลลิกรัมต่อลิตร อาจจำเป็นต้องย้ายปลาเพื่อไปอยู่ในตู้อื่นหรือไม่ ก็เพิ่มปริมาณออกซิเจน ดเพื่อให้ปริมาณไนไตรท์ลดลงหรือไม่ก็เปลี่ยนถ่ายน้ำ เพื่อให้ระบบกลับคืนสู่สมดุลย์โดยเร็ว